Das Stettiner Konsistorium hatte mit ganz wenigen Ausnahmen sein zum Teil sehr wertvolles Archiv in Stettin zurücklassen müssen, wo diese Bestände durch Kriegseinwirkungen vernichtet wurden.
Im Jahre 1946 gab es daher im Greifswalder Konsistorium kein Archiv. Es wurde an die Einrichtung eines Provinzialkirchenarchivs innerhalb des Behördenbetriebs mit dem Ziel der Sammlung geretteter Archivalien aus Hinterpommern und der zukünftigen Aufbewahrung von Akten der Kirchenleitung und der Verwaltung gedacht. Der Bestand geretteter hinterpommerscher Kirchenbücher bildete den Grundstock für das damalige Provinzialkirchenarchiv.
1950 erhielt das Provinzialkirchenarchiv seinen Standort am Karl-Marx-Platz 15, wo es 50 Jahre lang bleiben sollte.
1960 zählten zu den Beständen hauptsächlich Akten des Konsistoriums aus der Zeit nach 1945. Das Archiv befand sich noch im Aufbau, eine Findkartei sollte angelegt werden. Zum Sammlungsgut gehörten bereits ein Bildarchiv, eine Zeitungsausschnittsammlung sowie eine Siegelstempelsammlung. Das Archiv wurde von der Präsidialabteilung mitverwaltet.
1975 war der Diplomarchivar Joachim Wächter zum ersten hauptamtlichen Archivar berufen worden.
1993, nach zweijähriger Vakanz, hatte die Kirchenarchivrätin Dr. Carlies Maria Raddatz die Leitung des Landeskirchlichen Archivs übernommen.
Seit Anfang 1996 ist die Diplomarchivarin Ulrike Reinfeldt mit der Leitung des Archivs betraut.
Im August 2000 konnte das Landeskirchliche Archiv die sanierten, neuen Archivräume im Bischofshaus beziehen. Der Lesesaal bietet sechs Archivnutzern gleichzeitig Gelegenheit zu wissenschaftlicher, heimatkundlicher und genealogischer Forschung.
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